インボイスの経過措置が80%から70%に（2026年10月1日）｜免税事業者などからの仕入れを、取引先マスタと税区分でどう分けるか

免税事業者など登録番号のない相手からの課税仕入れで、仕入税額として控除できる割合は、2026年10月1日から2028年9月30日までが70%です。これまでの80%（2023年10月1日〜2026年9月30日）から10ポイント下がります。その先は、2028年10月1日から50%、2030年10月1日から30%、2031年10月1日以降は控除できません（インボイスQ&A問113、国税庁リーフレット（2026年10月3日確認））。

「10月から50%」という記事が多いのは、令和8年度の税制改正の前の予定がそうだったためです。改正で経過措置が2年延長され、割合が80%、70%、50%、30%の順に見直されました（国税庁「令和8年度税制改正におけるインボイス経過措置」）。会計ソフトの税区分や社内の手順書に「2026年10月から50%」と書いてあれば、書き換えが要ります。

この記事は、経理担当が「何をいつ直すか」を決めるための整理です。割合の表、自社に関係するかの見分け方、登録番号のない取引先の洗い出し、税区分と取引先マスタの見直し、社内への伝え方の順に書きます。会計ソフトは、特定の製品によらず一般名で書いています。

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いつの仕入れから、何割になるのか

控除できる割合は、国税庁のQ&Aでは「仕入税額相当額」に対するものとして書かれています。税率10%で税込11,000円の仕入れなら、税額にあたる部分は1,000円（11,000円×10/110。当方の検算）で、80%なら800円、70%なら700円が控除できます。控除できない部分が200円から300円に増える計算です。

割合が下がるのは、免税事業者など登録番号のない相手からの課税仕入れだけです。Q&Aは、対象になる相手を、消費者、免税事業者、登録を受けていない課税事業者としています。登録番号のある取引先（適格請求書発行事業者）から適格請求書を受け取った仕入れは、この経過措置を使わずに控除できます。

10月をまたぐ仕入れは、どちらの割合か

国税庁の表は、割合を期間で示しています。ただ、期間の当てはめに使う日が、納品や役務の提供を受けた日なのか、請求日や支払日なのかを書いた国税庁の文書は、今回開いたリーフレット、Q&A問113、タックスアンサー No.6498 のなかには見つかりませんでした。判定の日を、ここでは決めません。

手がかりは2つあります。帳簿に残す日付は「課税仕入れを行った年月日」とされていること（インボイスQ&A問113）。そして、消費税法30条にいう「課税仕入れを行った日」は、資産の譲受けや借受けをした日、または役務の提供を受けた日を指し、その時期は資産の譲渡等の時期の取扱いに準じる、と消費税法基本通達11-3-1に書かれていることです。10月をまたぐ継続的な取引や、検収を伴う取引の扱いは、顧問税理士か税務署に確かめてから設定に入れるのが安全です。

自社に関係するか：申告の方法と、1億円の上限

この経過措置は、仕入れの消費税を実額で計算して控除する場面の話です。簡易課税、2割特例、3割特例は、国税庁のリーフレットで「仕入れに係る消費税額について実額計算不要」と説明されているため、70%を掛ける場面がありません。インボイスなどを保存して実額で計算する一般課税の会社が、設定を直す対象です。

もうひとつ、令和8年度の改正で上限が変わりました。一の免税事業者等からの課税仕入れの額の合計（税込み）が、その年または事業年度で1億円（改正前は10億円）を超えると、超えた部分には経過措置を使えません。これは2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます（インボイスQ&A問113、タックスアンサー No.6498）。「一の」とあるとおり、取引先1社ごとの金額です。複数の取引先の合計ではないので、確かめるのは、取引先ごとの年間の支払額（税込）です。

2026年10月1日以後に始まる課税期間の最初は、暦年の個人や12月決算なら2027年1月からの期、3月決算なら2027年4月からの期です。それまでの期は、上限は10億円のままです。

登録番号のない取引先を、支払データから洗い出す

設定を直す前に、対象になる取引先を数えます。直近1年の課税仕入れを取引先ごとに集計し、請求書の登録番号の有無を並べます。番号がある取引先も、番号が有効かどうかは、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで検索して確かめられます。画面からは一度に10件まで検索でき、まとまった件数にはWeb-APIと公表情報のダウンロードが用意されています。検索しても番号が見つからないときは、入力内容を確かめ、取引先にも番号を確認します。

洗い出しの対象は、免税事業者のほか、登録を受けていない課税事業者も含みます。取引先ごとの税込合計は、上の1億円の確認にもそのまま使えます。取引先マスタに、登録番号と、経過措置の対象かどうかを入れておけば、仕訳のときに税区分を選び間違えにくくなります。

会計ソフトの税区分と取引先マスタで、直す場所

会計ソフトの設定を見直すときは、紙の手形・小切手が2027年3月末に交換廃止になる件もあわせて確かめます。勘定・補助科目・期日管理・支払条件の作り直しは「紙の手形・小切手は2027年3月末に交換廃止」で解説しています。

「80%控除」を前提に作った設定は、税区分の一覧だけでなく、取引先ごとの既定値、自動仕訳のルール、他システムからの取込の変換表にも入っています。製品によって、期間で自動的に割合が切り替わる場合と、区分を自分で選ぶ場合があるので、ここでは一般的な見直しの場所を挙げます。切り替わり方は、利用中のソフトの手順書やサポートの案内で確かめてください。

帳簿の記載は、国税庁のQ&Aが「80％控除対象」「免」などの書き方を例に挙げており、個々の取引ごとに書く方法のほか、記号を付けて別に「※は80％控除対象」と示す方法も認められています。割合の数字そのものが要件ではなく、「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」が分かることが要件です。税区分名に80%と入れている場合は、70%に変わったあとも、帳簿の記載と実態が食い違わないかを見ておきます。

社内への伝え方：経理の設定と、取引条件の話を分ける

経理が決められるのは、仕訳の区分、帳簿、請求書等の保存までです。取引先に単価や条件の見直しを求めるかどうかは、法務や購買とあわせて別に決めます。現場には、登録番号のない取引先の請求書が来たら経理へ回す、という入口だけを伝えれば足ります。

2割特例のあと：個人は3割特例、法人は対象外

仕入れの設定とは別に、「2割特例が終わったあと」も10月前後に気になる点です。2割特例は、2026年9月30日までの日を含む課税期間で終わります。そのあと、2027年分と2028年分の消費税の申告については、個人事業者に限って、納付税額を売上税額の3割とできる3割特例が設けられました。法人は対象外で、一般課税か簡易課税で申告します（国税庁の特設ページ）。

3割特例には、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることなどの要件があり、課税期間を短縮している場合などは使えません（インボイスQ&A問115-2）。簡易課税制度は、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が選べ、2割特例や3割特例を受けた翌課税期間は、その申告期限までに届出書を出せば、その課税期間から簡易課税を使えます（国税庁の特設ページ）。どの方法が有利かは業種ごとのみなし仕入率で変わるため、自社の場合は顧問税理士に試算を頼めます。

この記事の制度の内容は、国税庁の特設ページ、リーフレット、インボイスQ&A、タックスアンサー、消費税法基本通達を2026年10月3日に確認したものです。個別の取引や申告の判断は、顧問税理士か税務署で確かめてください。会計ソフトの設定や、他システムとの連携の見直しを含めた相談は、当社の会計・経理まわりの支援でも受けています。